Historické jádro
Město Prachatice se může chlubit historickým jádrem, které si zachovalo svoji renesanční podobu. Na základě této skutečnosti bylo město v 1981 vyhlášeno Městskou památkovou rezervací. V České Republice tedy patří Prachatice do čtyřicítky nejzachovalejších měst – patří tedy k nejlépe zachovalým městským komplexům v České republice.
Malé náměstí – nachází se před Dolní bránou, kterou se vstupovalo do opevněného města od severovýchodu. Původní zástavba byla v 60-70 letech nahrazena současnou panelovou zástavbou a obchodním domem Libín. Za pozornost zde stojí největší sluneční hodiny ve střední Evropě vzniklé v souvislosti s touto moderní výstavbou.
Dolní brána – patří do renesančního městského opevnění. U fontánky na Malém náměstí začíná naučná stezka, která vede podél hradeb. Pro návštěvníky jsou k dispozici informační tabule, kde je vyobrazen hradební systém i jeho vývoj. Po obvodu historického jádra se vstoupí dolní branou dovnitř renesančního města.
Kostelní náměstí – zde se 
po levé straně nacházejí domy čp- 28 a čp- 29, které se pyšní sgrafitovou výzdobou a štíty. Největší stavbou na náměstí je kostel sv. Jakuba. Gotický kostel je dominantou historického jádra. Ulička, která vede kolem kostela zavede návštěvníky k budově bývalé městské školy (čp.30), kde se proti ní nachází okénko staré sakristie s prohnutou mříží, kde podle staré pověsti dal Jan Žižka upálit 85 neposlušných prachatických měšťanů. Podél fary se po levé straně nachází nejvzácnější sgrafito ve městě, které představuje sgrafitový obraz Večeře Páně z roku 1563.
Velké náměstí – po pravé straně stojí tzv. Sitrův dům čp. 13. V dnešní době zde sídlí Prachatického muzeum. Velké náměstí s Kostelním náměstím prošlo v roce 2000 celkovou rekonstrukcí – snahou bylo zachovat starou historickou dlažbu. Dominantou náměstí je uprostřed stojící kašna s renesanční sochou a lavičkami.
Nejvýznamnější budovou na náměstí je Stará radnice čp. 1. Její fasáda je zdobena obrazy provedené technikou chioroscuro. Uvnitř budovy se nachází Informační centrum a je možné projít do dvorku staré radnice “na arkády”. Mezi další pozoruhodné budovy na náměstí patří především Nová radnice – čp. 2 – 4, Knížecí dům – čp. 9, U sv. Krištofa – čp. 36, Rumpálův dům – čp. 41 či Bozkovský dům čp. 184, který je zdoben rožmberským jezdecem na fasádě. Uvnitř se nachází Kulturní centrum Otto Herberta Hajeka s výstavou moderního umění.
